آیت الله محمد هادی معرفت پس از30 سال تحصیل در نجف در سال 1351به کشور بازگشت و در حوزه قم مشغول تدریس و تحقیق و تألیف شد.
وی با چند نفر از علما تصمیم گرفت به سؤالات و شبهات علمی دانشجویان و دانشگاهیان جواب بدهد .
بخش قرآن را خود ایشان قبول نمود و این آغاز ورود ایشان به علوم قرآنی شد.
آیت اله می گوید:«پدرم به اتفاق والدین و دیگر اعضاء خانواده اش در سال 1290 هجری.شمسی در سن پانزده سالگی از سده اصفهان به كربلا مهاجرت كرد و در سن 63 سالگی سال 1338 هجری.شمسی در كربلا وفات یافت و در ایوان پشت سر بارگاه حضرت ابوالفضل(علیه السلام) به خاك سپرده شد.
وی دانشمند و خطیبی توانا و مورد احترام مردم كربلا بود.
پدران پدرم همگی تا سه قرن از سلسله جلیله روحانیت و علما بوده اند.
آیت الله که در کربلا در سال 1309 خورشیدی متولد شد، چندین اثر ارزشمند قرانی تألیف نمود.
ایشان از فعالین و همراهان انقلاب بود و یکی از فرزندانش در این راه شهید شد.
آثار و تألیفات:
1. التمهید: که بزرگترین و ارزشمندترین اثر ایشان در زمینه علوم قرآنی می‌باشد و به گفته صاحب نظران از جمله کتاب های کم نظیر قرآنی می‌باشد.
2. شبهات وردود: مجموعه شبهات وارده به قران در این کتاب جمع آوری و پاسخ گویی شده است.
کتاب های ایشان در خارج کشور مانند مصر بعنوان ذهب و فضه(طلا و نقره) شاخته شده است و مشتری زیادی دارد.
مدفن: حرم حضرت معصومه (س)