آیت الله محمد هادی معرفت پس از30 سال تحصیل در نجف در سال 1351 به کشور بازگشت و در حوزه قم مشغول تدریس و تحقیق و تألیف شد.
وی با چند نفر از علما تصمیم گرفت به سؤالات و شبهات علمی دانشجویان و دانشگاهیان جواب بدهد .بخش قرآن را خود ایشان قبول نمود و این آغاز ورود ایشان به علوم قرآنی شد. آیت اله می گوید:«پدرم به اتفاق والدین و دیگر اعضاء خانواده اش در سال 1290 هجری.شمسی در سن پانزده سالگی از سده اصفهان به كربلا مهاجرت كرد و در سن 63 سالگی سال 1338 هجری.شمسی در كربلا وفات یافت و در ایوان پشت سر بارگاه حضرت ابوالفضل(علیه السلام) به خاك سپرده شد. آیت الله که در کربلا در سال 1309 خورشیدی متولد شد، چندین اثر ارزشمند قرانی تألیف نمود.
وی در تاریخ مذکور درگذشت و در حرم حضرت معصومه (س) به خاک سپرده شد.