انتخابات شوراهای محلی دو دوره انجام و عملا از سال 1362 ادامه نیافت و در نتیجه شورای هماهنگی شهر هم دیگر تشکیل نشد. از آن به بعد شهرداران با نظر مقامات محلی و استانداری مشخص می شدند. این دوره مردم تقریبا نظارتی بر شهرداری نداشتند و حدودا یکسال یکبار یک شهردار امور شهر را به دست می گرفت. در واقع از سال 1359 تا سال 1364 شش نفر به عنوان شهردار، امور شهرداری را بر عهده گرفتند.در حالی که این سالها، سالهای گذر از همایونشهر با چهار محله به خمینی شهر با آبادی های پیرامون و گسترش شهر به سمت شمال و اوج مهاجرت ها بود. چنین شرایطی سبب شد تا این توسعه بدون برنامه ریزی و آماده کردن زیر ساخت ها اتفاق بیفتد.
بعد از مهندس میردامادی، اصغر براهیمی از بنیانگذاران جهاد سازندگی خمینی شهر به سمت شهردار خمینی شهر انتخاب شد. به گفته آقای براهیمی بودجه سال 1362 شهرداری که در پایان سال 1361 تصویب شد به مبلغ ده میلیون و پانصد هزار تومان بود.
برخی از عملکرد شهرداری در دوران اصغر براهیمی
زیر سازی و آسفالت بلوار شهید بهشتی
سنگ چینی اطراف نهر گارد توسط سازمان آب و کمک 50 هزار تومانی شهرداری
محدوده بندی و نصب بلوک های دور پارک پیروزی و رفع برخی موانع تکمیل پارک از جمله برچیدن کارگاه سنگ موجود در محوطه پارک
اصغر براهیمی حدود یک سال شهردار بود و بعد از وی تا سال 1364 خمینی شهر چند شهردار راتجربه کرد. دو نفر آنها اصغر براهیمی و مهندس فیض اله میردامادی بومی بودند. در سال 1364 تا اواسط سال 1368 مهندس صادق ناجح پامناری شهردار خمینی شهر شد . در دوره وی که نسبتا دوره با ثباتی بود و حمایت نیروی تاثیر گذار شهر را داشت اقدامات عمرانی چندی به نتیجه رسید
برخی از عملکرد شهرداری از سال 1364 تا اواسط سال 1368 :
0جدول، زیر سازی و آسفالت خیابان های امیرکبیر، 17 شهریور و بلوار جمهوری اسلامی.
0عملیات آماده سازی قطب صنعتی.
0اتمام عملیات احداث پارک پیروزی با حدود 10 سال اجرا.
0گرفتن صد هکتار زمین در اراضی شمال شهر جهت احداث گورستان مرکزی و انجام برخی اقدامات اولیه در آن مکان و همزمان کمک به دیوارکشی گورستان های سطح شهر
0گرفتن 60 هکتار زمین در اراضی شمال شهر جهت احداث پارک بزرگ شهر( پارک جنگلی) و شروع عملیات احداث پارک
0گرفتن 10 هکتار زمین در اراضی شمال غربی شهر برای انتقال سنگ تراش ها به آن مکان
0آسفالت برخی کوچه ها که تا آنزمان خاکی بودند.
در خصوص گرفتن زمین ها در شمال شهر واقعیت این است که در عمل اسناد زمین های ذکر شده به نام شهرداری صادر نشد ولی بر اساس صورت جلسات تنظیمی اقداماتی بر روی این زمین ها صورت گرفت. در خصوص گورستان مرکزی در دوره شورای سوم و پیگیری شهردار پورکاظم اسنادی به نام شهرداری صادر شد.
پس از مهندس ناجح، قاسم حسینی، به مدت دو سال شهرداری را اداره کرد.